種蛋在孵化前期，養殖戶需保證種蛋干凈，因此對種蛋需進行消毒：
(1)種蛋消毒：種蛋孵化前可用0.1%高錳酸鉀或0.02%的新潔爾滅溶液浸泡消毒，也可用福爾馬林蒸氣熏蒸30分鐘消毒。操作方法是每立方米容積用福爾馬林14毫升，高錳酸鉀7克，常水7毫升，熏蒸30分鐘。也可每立方米容積用過醋酸1克，熏蒸20-30分鐘。
土雞種蛋消毒程度。蛋產出后會或多或少地污染，蛋殼上會附著很多細菌，隨時間的推移，細菌數量迅速增加，有些細菌通過蛋殼膜進入殼內，污染種蛋。因此，必須對種蛋進行認真消毒，而且越早越好。種蛋消毒方法很多，但效果最好、最常用的還是用甲醛熏蒸消毒法。
(2)孵化器、蛋箱、蛋盤消毒：先用0.1%新潔爾滅或0.2-0.5%過醋酸溶液浸泡，再在封閉室內20℃條件下，用福爾馬林熏蒸5-10小時，每立方米容積用福爾馬林14毫升，高錳酸鉀7克，水7毫升。