在孵化過程中孵化器中的氣體對種蛋的孵化影響也是非常大的，管理人員需控制好孵化器中的空氣流通，減少孵化器中有害氣體的產生。下面是常見有害氣體對種蛋孵化率的影響。
孵化器內二氧化碳和氧氣對種蛋孵化率的影響
1、孵化器內氧氣含量對孵化率的影響
在孵化過程中，孵化器內氧氣含量為21%時，則每降低1%，孵化率下降5%，氧氣含量在30～50%范圍內每增加1%，孵化率下降1%左右。
2、孵化器內二氧化碳對孵化率的影響
二氧化碳含量高低對多孵化率有很大影響，據測定，二氧化碳含量在0.5～4.0%范圍內(孵化溫度37.7℃，相對濕度60%，氧21%)，隨著二氧化碳含量的增加，孵化率成正比例下降。當二氧化碳含量超過1%時，每增加1%，孵化率下降15%。