菜籽粕與葵花粕中賴氨酸和精氨酸的含量遠不如豆粕比例適當。因此，建議在使用時應與精氨酸含量高的花生粕或棉籽粕配伍，以達到營養平衡的目的。菜籽中含有硫葡萄糖甙，其本身無毒，但經過酶解后，產生的物質可以導致蛋雞甲狀腺腫大，使生長和繁殖受抑，也會引起肝臟出 血及凝血作用下降。所以，使用菜籽粕要進行脫毒處理。
棉籽粕中所含蛋白質中氨基酸不平衡，精氨酸含量過高，賴氨酸含量不足，其中蛋氨酸含量過低。因此，在應用時要添加L一賴氨酸，而且要與精氨酸含量少的原料配伍，如菜籽粕、胡麻粕等。棉籽粕中含有有毒的游離棉酚，對細胞、血管和神經有害，且干擾血紅蛋白的合成損害生殖系統功能，影響蛋的品質等，其負面影響較大，且其在飼料中添加的比例一般以不超過10%為宜，當雞產蛋高峰期時更要謹慎使用。但是在脫毒的情況下，有些地區使用量達到12%。現有最簡便宜行的脫毒方法就是在棉粕中添加硫酸亞鐵，添加的鐵離子含量是棉籽粕中游離棉酚的4～5倍，但棉籽粕游離棉酚的含量應經過檢測，否則過量的鐵離子會影響其他微量元素的攝入。