中草藥飼料添加劑雖然有很多優點，但也存在不少問題，養殖戶切忌盲目使用。
大多數飼料添加劑生產企業在調制中草藥飼料添加劑配方時，一是借助中醫資料記載進行優選，二是根據中草藥的用途、功能進行組方，再通過飼養試驗檢驗其效果，而后進行優選。一個組方雖然效果顯著，但廠家對發揮作用的究竟是哪些主要化學成分還不十分清楚，對藥物在動物機體內的變化、作用結果沒有進行更深入的研究，甚至忽視組方中有害的一方面，片面追求使用效果。
目前，大部分中草藥飼料添加劑均是將原料藥粉碎、攪拌后直接添加于飼料中。部分廠家僅停留在粗制品的生產水平上，一般添加量都在1%以上，有的高達 10%，不僅產品運輸、保存不方便，而且易改變飼料中的其他營養成分。加之中草藥大都有辛、苦、咸、酸等味，添加量過大會影響飼料的適口性。