飼養種公藏獒的目的主要是用于配種，并獲得數多質優的后代。因此，要求其體質健壯，發育良好，性欲旺盛，精液品質優良。為了對種公藏獒進行科學的飼養管理，應從以下幾方面著手：
一、營養全價、體況適宜 種公藏獒要求中等以上瞟情，其日糧搭配要合理，營養要求全價。特別是能量、蛋白質、碳水化合物、礦物質、維生素和水的需要。種公藏獒精液品質要好，為了獲得健壯的仔獒，保護種公獒，不要過早參加配種。一般的在第二個發情期參加配種為宜。
二、合理確定配種次數 種公藏獒的配種次數，每天以一次為宜。連續配種兩次，以間隔時間為24～48小時之間。為保持種公獒的最佳體況，一年內配種次數最好不要超過30次，且將時間均勻分開進行。配種次數過多，頻度過密，不僅會降低種公獒的體質，而且因精液品質的下降使母獒受孕率降低。
三、種公藏獒要單圈飼養對于各種藏獒，自幼就應進行選育，6月齡時即應進行單圈飼養，嚴防互相毆斗，早交亂配，影響配種效果。
四、適時加強運動運動時間，夏季可在早、晚進行，冬季可在中午進行。每天運動不低于1小時，保護皮膚衛生，促進血液循環，減少皮膚病和體外寄生蟲，加強性活動。
五、配種應自然交配對初次參加配種的青年藏獒，在新的不熟悉的場所，由于各種引誘性刺激物的存在，而往往表現不出配種的積極性。因此，應將母獒牽到公獒熟悉的地方參加配種，并任其自然交配。交配后，要自行松脫，不要強行拉開，以免損傷生殖器官。更不要立即給種公獒飲水，而母獒應自由走動20分鐘。
六、配種要作記錄為觀察其配種性能和后代品質，配種時要作記錄。根據它們的個體品質、祖先品質、同胞品質以及后代品質進行綜合評定。