在畜禽養殖時，來自飼料方面的種種污染，往往是導致養殖損失和失敗的主要因素。因此，在使用養殖飼料時，要嚴防以下六種污染：
蟲害鼠害污染。蟲害可造成飼料營養損失，或在飼料中留下毒素。在溫度適宜、濕度較大的情況下螨類對飼料危害較大。鼠害不僅會造成飼料損失，還會造成飼料污染，傳播疾病。
微生物類污染。飼料滋生黃曲霉菌、青霉菌、赤霉菌和鐮刀霉菌等有害微生物，會產生黃曲霉毒素、赤霉素、赤霉烯酮等對畜禽有害的毒素。其中黃曲霉毒素的毒性最強。
抗營養因子污染。飼料中的抗營養因子主要有蛋白酶抑制因子、碳水化合物抑制因子、礦物元素生物有效性抑制因子、拮抗維生素作用因子、刺激動物免疫系統作用因子等。它們的存在會干擾畜禽對飼料養分的消化、吸收和利用。
有害化學物質污染。主要包括農藥污染、工業“三廢”污染、營養性礦物質添加劑污染等三類有害化學物質。
非營養性添加劑污染。抗生素、激素、抗氧化劑、防霉劑和鎮靜劑的作用，對預防疾病、提高飼料利用率和生長速度有很大作用，但若不嚴格遵守使用原則和控制使用對象、安全用量及停藥時間，藥物及其代謝產物會在肉、蛋、奶中殘留，并通過畜禽排泄物污染環境。
加工過程中產生的毒物交叉污染。加工工藝控制不當，飼料中成分復雜的添加劑在粉碎、輸送、混合、制粒、膨化等特殊的加工過程中會發生降解反應、氧化還原反應，生成一些復雜的化合物。
此外，飼料生產過程中的混雜污染也是影響飼料衛生和質量的一個重要因素。因此在飼料加工生產過程中要注意清掃設備，避免飼料在輸送及混合過程中分解和殘留。