合格種蛋產蛋率是衡量蛋種雞養殖企業飼養效率和盈利能力的最重要生產指標之一。其受兩個指標共同影響，一是種雞產蛋率，二為種蛋合格率，二者乘積即為合格種蛋產蛋率。產蛋率由雞的品種、飼料營養水平、疾病防控措施、飼養管理技術、環境條件等主要因素決定；而種蛋合格率除受品種與日齡、疾病、應激、營養因素影響外，還與種蛋收集與運輸環節相關。為了獲得較高的合格種蛋產蛋率指標，提高蛋種雞養殖企業的經濟效益，要在保障雞群健康，確保高產、穩產的前提下，最大限度提高雞群的種蛋合格率。
一、影響合格種蛋產蛋率的因素
1、品種與日齡
品種與日齡對種蛋合格率的影響反映在蛋重大小及蛋殼質量的好壞。蛋重隨著雞群日齡的增大而增大，而只有符合55-68克的種蛋才最為適宜留做種用。因此，需通過飼料營養提高蛋種雞180日齡以前的蛋重，控制55周齡以后蛋重，以提高種蛋的合格率；蛋殼質量隨日齡的增大而發生變化，一般產蛋雞群36周齡后蛋殼質量逐漸變差。但蛋殼的形成十分復雜, 諸多因素如母雞的品種、年齡、母性行為、營養、疾病、藥物、環境條件、管理、設備等均會對蛋殼品質造成影響，雖然我國對蛋殼質量的研究已持續十幾年, 但劣質蛋殼仍然是造成蛋雞業經濟損失的一個重要原因。
2、疾病因素
對雞群合格種蛋產蛋率影響較大的疾病主要為傳染性支氣管炎（IB）和產蛋期的壞死性腸炎，兩者在發病的不同時期都會造成產蛋率的大幅下降。
雞群感染傳染性支氣管炎病毒（IB）后，不會導致明顯死亡增加，其通常是一過性感染，病程較短，痊愈后雞群快速恢復精神狀態，但IB病毒已對雞只輸卵管造成損傷。尤其在育成期間感染的雞群，在產蛋期形成為不產蛋的“水襠雞”（俗稱大肚子雞），造成養殖企業生產成本顯著增加。在產蛋期感染本病后也可造成雞只終生生產軟殼蛋、無殼蛋，喪失飼養價值；雞群感染壞死性腸炎后，將導致雞只消化系統不可逆的損傷，影響營養物質的吸收，進而導致生殖系統萎縮、失去產蛋能力，直至死亡。
3、應激因素
飼養管理過程中，雞群因采食過多或過少、免疫應激、人工輸精應激、舍內環境控制等管理不當造成個別雞只體質下降而處于亞健康狀態。而飼養亞健康雞只，不但增加雞群飼養的直接成本，亦會降低合格種蛋產蛋率。因此，日常管理過程中，對于亞健康雞只要及時挑選后單籠飼養，待其恢復一段時間正常產蛋后再進行人工輸精。
4、種蛋收集與運輸因素
種蛋的收集與運輸環節處理不當，亦會導致大量合格種蛋的人為破損，間接降低種蛋合格率。
二、提高合格種蛋產蛋率的措施
1、 營養調控確保蛋重適宜
一般蛋種雞進行人工輸精和種蛋收集的周齡為25-63周齡。在25周齡前，蛋重普遍較小，而低于55克種蛋不宜留作種用，因此，在高峰期要飼喂高能量、高蛋白日糧，以提高前期蛋重。經統計，55-63周齡的平均蛋重為62.5克，其中72克以上約占2%，68-72克約為11.4%，57-68克約為77.5%，57克以下約為8.99%，因此需根據蛋重的變化，調整雞群的日耗料，做到定量飼喂，防止雞采食過多而造成蛋重過大。
2、預防疾病提高雞群健康
做好疾病防控工作，通過建立完善的生物安全體系，將病原擋在場區之外，避免雞群感染疾病。尤其在育雛育成期，雞群對IB病毒的抵抗力較弱，更需要通過環境控制與免疫杜絕疾病的發生。一般而言，雞群產蛋后期是壞死性腸炎的高發期，此期間雞群由于前期產蛋的大量消耗，致使體質減弱，個別雞只相繼感染疾病，變為亞健康狀態甚至死亡。因此，需日常做好舍內外環境的隔離與消毒，飼養全程做好雞群疾病防控工作。
3、減少應激提高雞群體質
亞健康雞只的產生主要由日常管理應激造成，應根據不同應激因素采取不同措施。
①、人工輸精可使種雞易感輸卵管炎，繼而導致肛門括約肌收縮無力，輸卵管在產蛋后滯留體外，容易使雞脫肛。解決的辦法是在人工輸精時保持輸精器具干凈衛生，對已有脫肛癥狀的雞只及時挑出、單籠飼養，并涂抹藥物進行治療。
②、為了降低日常管理應激，首先要規范日常管理操作流程與標準，建立喂料流程，揀蛋流程，人工輸精操作流程，衛生清掃流程，帶雞消毒程序等，使雞群形成良好的條件反射減少應激的發生。
③、對于亞健康雞只管理，要及早挑出，單籠飼養，對癥狀治療，盡早淘汰無飼養價值雞只，減少不必要的成本支出。
④、另外，要關注外界天氣變化，做好舍內溫度、濕度的調控，防止雞只熱應激與冷應激的發生。對于近期可能出現的氣候變化，建立溫度預警機制，制定月、周、日通風工作計劃。尤其是在冬春、秋冬交替期間，防止由于外界溫度的突變而造成的冷應激，確保舍內溫度適宜、均勻、穩定，進而保證雞群產蛋穩定。
4、專用周轉車降低種蛋破損率
為了提高員工工作效率，降低種蛋周轉成本，減少破損率，雞舍產出的種蛋直接放入孵化盤，使用專用周轉車運輸種蛋，減少了孵化廳碼蛋環節，與孵化車對接，裝卸方便且大大降低員工勞動強度，同時，解決了長途運輸破損率高的難題，將種蛋破損率控制在0.2%以內。