為了減少細菌穿透蛋殼，種蛋產出后應馬上進行第一次消毒，所以要勤收種蛋，收集后馬上消毒;需要運輸的種蛋要在運輸車內進行第二次消毒;入孵后可在入孵器內進行第三次消毒;種蛋移盤后在出雛器內進行第四次消毒。
種蛋的消毒方法很多，在生產中常用又方便操作有：(1)甲醛熏蒸：用40%的甲醛溶液和高錳酸鉀按比例混合產生氣體可迅速有效的殺死病原體。第一次、第二次按每立方米用42ml甲醛加2lg高錳酸鉀熏蒸20分鐘，可殺死95%～98%的病原體;第三次在入孵器內按每立方米用28ml甲醛溶液、14g高錳酸鉀消毒;第四次按每立方米用14ml甲醛溶液、7g高錳酸鉀的濃度進行雛雞熏蒸消毒。(2)過氧乙酸熏蒸：按每立方米用過氧乙酸溶液50ml、高錳酸鉀5g熏蒸15分鐘，可快速有效殺死大部分病原體。當然大型種雞場還可用洗蛋消毒液，進行消毒。
種蛋消毒完后馬上放入干凈的蛋庫保存，防止再次被細菌污染。