養殖場在進畜前或出畜后都需要提前進行消毒清理工作，做好準備工作讓畜禽有一個好的環境，長做清理工作可大大減少畜禽疫病發生。
定期消毒病源微生物的繁殖能力很強，無論養禽還是養畜，都要對畜禽圈舍及其周圍環境進行定期消毒。規模養殖場一般都有嚴格的消毒制度和措施，而普通農戶養殖數量較少，一般每月消毒1-2次。
出欄后消毒畜禽出欄后，其圈舍內外病源微生物較多，必須來一次徹底清洗和消毒。消毒畜禽圈舍的地面、墻壁及其周邊，所有的糞便要集中成堆，讓其發酵，所有養殖工具要清洗和藥物消毒。
發生疫情緊急消毒如果畜禽發生疫病，往往引起傳染，應立即隔離治療，同時迅速清理所有飼料、飲水和糞便，并實施緊急消毒，必要時還要對飼料和飲水進行消毒。當附近有畜禽發生傳染病時，還要加強免疫和消毒工作。
高溫時加強消毒夏季氣溫高，病原微生物極易繁殖，是畜禽疾病的高發季節。因此，必須加大消毒強度，選用廣譜高效消毒藥物，增加消毒頻率，一般每周消毒不得少于1次。