遵循消毒“三步曲”原則：清掃、沖洗、消毒。
1、方式：
①物理消毒：高溫、干燥、紫外線、火烤等。
②化學消毒：噴淋、熏蒸、飲水、拌料、浸泡、涂刷等。
2、步驟：
①徹底清掃消毒物表面的有機物：剩余的飼料、糞便、羽毛、都會阻隔消毒藥作用的發揮，嚴重影響消毒效果。例如：有一塊雞糞在地面，經過消毒后，地面的含菌量大大降低，甚至無菌，但是把這塊雞糞清除后，那塊地面仍然與沒消毒一樣，可見表面潔凈的重要。
②徹底沖洗被消毒物表面：再次將細小的停留在被消毒物表面的有機物清除，以保證消毒效果。
③消毒用水對消毒的影響：水有堿性、酸性、(酸堿度)、消毒藥的酸堿性一定要與所用水的酸堿性一致，就會起到事半功倍的效果，反之，效果差，甚至無效。
④溫度、濕度對消毒的影響：消毒是需要溫度、濕度來保證效果的充分發揮，不同的消毒藥，對溫度、濕度的要求不同，一般養殖使用的消毒藥要求環境溫度(藥物不能加熱時)在20～24℃，相對濕度60%以上。例如：用福爾馬林、高錳酸鉀進行熏蒸消毒時，如果溫度、濕度達不到上述標準，這個化學反應不充分，蘑菇云竄得不高，煙霧勢力小，容器內還有剩余的高錳酸鉀未反應，除了浪費藥物，效果還不理想。
⑤潔凈的環境是消毒的保障：任何不潔凈的物體，環境會直接影響消毒效果。