給雞舍消毒的主要目的就是防止病菌進入雞群體內引發疾病。所以為了防止這種狀況的發生，養殖戶需做好雞舍消毒管理工作。常使用的科學消毒方法如下：
(1)物理消毒：一是通風透光干燥，讓病毒、細菌脫水，自生自滅。方法是將禽舍敞窗開門，讓風吹，讓日光的紫外線直射，夏季利用高溫，冬季利用低溫、干燥滅菌。二是人工高溫滅細菌、病毒、寄生蟲。火焰噴射消毒，溫度達幾百攝氏度，可徹底殺滅毒、細菌、寄生蟲。而且對金屬設備無損害，對木制品因時間短也不致損壞。這是筆者大力推薦的消毒方法。以上兩種物理消毒方法適應于全進全出養禽場和凈場的禽場。
(2)化學消毒：化學消毒方法就是利用化學藥物噴灑、浸泡、熏蒸消毒，適用于空間、地面、墻壁、設備、用具消毒。化學消毒注意幾個關鍵問題，一是酸性、堿性化學藥物每周更換使用，以防病毒、細菌、寄生蟲產生抗藥性，而失殺滅之效。二是濃度適宜，過高、過低都不得殺滅。三是掌握濕度和藥的揮發時間。如果天氣干燥、溫度過高，則噴霧立刻干燥，不得發揮藥的效果。如果溫度低、細菌不活躍，形成芽孢起不到殺滅作用，因此，天熱時要早晚消毒，天寒時中午消毒。四是消毒要全面而徹底，不得遺漏死角。