用科學的方法對山羊進行選種，主要采取系譜鑒定、本身鑒定和后裔鑒定。
系譜鑒定系譜是一只山羊祖先情況的記載，借助系譜可以了解被選個體的育種價值，過去的親緣關系和祖代對后代在遺傳上影響的程度。系譜鑒定就是分析各代祖先的生長發育、健康狀況以及生產性能來確定山羊的種用價值。因此，選擇種山羊時，首先要查看被選山羊的祖代資料。特別是挑選幼齡種山羊時，應以系譜作為選種依據。一般要查看三代資料。
本身鑒定就是對候選山羊本身的表現進行評定而確定其質量的優劣程度。主要依據本身的生產性能，如肉用山羊的日增重；乳用山羊的產奶量；毛用山羊的剪毛量；皮用山羊的毛皮品質。同時也要考慮其他指標，如生長發育快慢、品種特征是否明顯、體質是否健康和健壯，外形長得好不好等。
后裔鑒定就是根據后代的品質來選擇種山羊，多用于優良公羊的后裔測定。
要使山羊選種達到目的，取得好的效果，在進行山羊選種時，一是注意堅持標準，嚴格淘汰。選種不按標準來選就達不到預定目的；選種不配合淘汰，也是達不到預定目的。二是注重選種方法。三是注意資料的登記、整理、分析。四是在查看系譜時應注意祖代的優點；也要注意祖代的缺點和缺陷。五是在本身鑒定時，要注意根據育種和生產需要確定鑒定項目。項目的確定要注意其實效性，不宜太多。六是在后裔測定時要注意條件的一致性。