這里有益菌主要指乳酸菌芽孢桿菌EM菌硝化細菌（包括反硝化細菌）以及光合細菌。這些有益菌就是生產常用的微生態制劑。有益菌在漁業生產使用方法上有兩種：內服和外潑。在養殖生產中發現蝦農在使用有益菌時存在一定的誤區，根據生產實踐經驗，以及南美白對蝦高位精養各個階段摸索出一套自己的使用方法。
放苗期調水用菌
蝦池經清理沖洗晾曬消毒后，放入新的海水（可為井水）經消毒處理，次日肥水加入藻種，待稍有水色后，加入乳酸菌和硝化細菌EM菌為主的有益菌，由于新入海水，水中致病弧菌等微生物相對較少，此時投入有益菌一方面可起到肥水作用，另一方面則可使有益菌形成優勢細菌種群，在施用有益菌的情況下，所獲得的藻相也是以有益的藻為主。這樣初步獲得了菌藻平衡。這種水體對于放苗保苗是相當有利，有利于提高蝦苗成活率。
對蝦養殖前期
當養殖進行到大約10天左右，由于蝦仍處于幼蝦期，游泳能力差，不能排污，蝦池中開始積累一定數量的殘餌和糞便。此時應及時補加芽孢桿菌。此時有益菌應以芽胞桿菌和乳酸菌為主，分解水體中的有機物殘餌和糞便。并根據需要經常少量添加新水。注意在養殖前期，除非對蝦出現病害征兆，否則不要輕易消毒。
對蝦養殖中期
養殖30天到40天，對蝦的活動能力增強，池塘已積累較多的糞便、殘餌。此時，應通過中央排污排去底層污水。及時補入新水。由于消毒劑通常對各種微生物都能殺滅，待消毒劑的藥性消失后(一般為3天)，其他有害微生物還沒有大量繁殖前，應及時補充新的復合有益菌群。有益菌群主要EM菌乳酸菌芽孢桿菌和硝化細菌及反硝化細菌。
EM菌肥水控水，平衡藻相。芽孢菌乳酸菌分解有機物，控制弧菌滋生。硝化細菌及反硝化細菌控制水體亞硝酸鹽，防止蝦體亞硝酸鹽中毒。此時，對蝦基本上可以攝食中號飼料，此時除了上述在水中施用復合有益菌群外，還可以在以后全程養殖中拌服乳酸菌，拌服量占本餐投飼量的1－3％。
對蝦養殖后期
養殖達二月后，進入后期，生產上一般采用大排大灌更新池水，在這個時期原則上不再大量外潑有益菌，堅持用菌以少量多次為主，適當補充有益菌群。因為換水頻率較大，新加入的有益微生物很難繁殖起來。因此應以內服為乳酸菌以及乳酸菌EM菌的復合菌。投喂量和中期相同。
作者：安進水產講師團鄭昌振
整理人：洋洋