甲藻一般出現在養殖后期，但因目前周邊環境的水源營養過富，有利于甲藻的生長，所以前期肥水不當也會造成甲藻暴長。
甲藻分布范圍很廣，淡水、半咸水、海水中都有，是天然水體主要的浮游藻類之一。甲藻趨光性強，只生存于養殖水體的中上層，甲藻的色素體呈綠色或棕色，所以甲藻生長的水色也是綠色與棕褐色。
上圖是由甲藻等有害藻類暴長，導致對蝦突然減料，甚至不吃料。
有害藻類暴長造成水中缺乏鈣鎂磷等營養元素，導致對蝦甲殼薄、滑，引起鰓絲病變，黃鰓、空腸拉稀，體質弱等亞健康，蛻殼不遂，排塘。
有害藻類暴長導致的對蝦體色發綠、綠肝、腸道充水（水腫），瘦身、腸道彎曲
多年的高密度養殖，造成養殖周邊的水體累積過多的有機質，或水體懸浮有機物過多，水體富營養化（養殖前期出現甲藻主要是施肥不當造成水體富營養化，后期主要是排換水量不夠或管理不當）導致甲藻爆發式的增長繁殖（如夜光藻、裸甲藻等），使水分層，并發出腥臭味，并且致使水中溶解氧急劇下降，導致呼吸器官鰓負擔過重，或直接附著在鰓絲上，導致發生病變——出現黃鰓腫鰓等現象，尤其甲藻暴長老化后產生甲藻毒素直接危害肝臟，對魚蝦蟹的健康危害較大。所以一旦甲藻暴長就會出現鰓黃、腸道彎曲、減料這三大應激現象，時間久了還會出現紅身腸炎、瘦身、軟殼等病癥現象，嚴重時導致魚蝦發病死亡（對蝦大多是因為體質弱、耗氧多加水體亞缺氧共同造成蝦無法脫殼而死，死蝦體色泛棕黃肝萎縮）。
去年下半年至今在瓊海比較常見的甲藻等有害藻類暴長，造成對蝦生長緩慢、拉稀、腸炎、黃鰓、肝病變等一系列問題，而且在低溫下依然不死，對對蝦危害極大。
處理措施：黃黑靈+池底解毒丹潑灑，同時用爽水靈干撒，根據情況連用兩天（海水用量小，淡水用量大，同時根據養殖密度調整用量），之后再用黑霸+好豐水調水。
平時防控甲藻的措施：
下午3點左右先用水康寶+沸石粉吸附水中有機質與無機鹽，降低水體肥度，創造不利于甲藻生長的養殖環境，2～3小時后排水20～30公分（可分2～3次排）。隔天上午使用好豐水+益生健（益生健先與紅糖混合浸泡過夜）凈水。
甲藻的治理措施：
先排水30～40公分，接著用黃黑靈潑灑殺藻并解決鰓問題，用爽水靈氧底除毒并控制甲藻生長，晚上繼續大量換水，看情況可連用2～3天。
一定要注意加水時間，如果上午大量的加水，往往水會更濃，就跟沒換過一樣!這是因為甲藻生長繁殖得很快了，特別是高溫有太陽的時候，我們把水體降低了，水溫容易升高更促進了甲藻的繁殖，往往導致我們換水的速度趕不上甲藻繁殖的速度!
所以甲藻水一般選擇晚上換水。隔天早上先用黑霸抑制甲藻生長，使用黑霸是因為它可以黏附在藻細胞表面，阻斷光合作用，加速藻類死亡或降低水體透明度不利于甲藻生長。2小時后再用好豐水潑灑，競爭抑制甲藻生長，因為這么多菌類當中只有光合細菌的營養需求是最接近藻類的，都是自養營養方式的。不建議用芽孢配光合，因為芽胞大多是異養型的，把水中有機物降解為無機營養鹽，給藻類制造更多的無機鹽使甲藻生長更多。所以我們要做的是在水中培養相近生態位的光合細菌，抑制甲藻的生長。
有人又會說直接引有益藻類不是更好嗎？不好！這是因為甲藻暴長的水體已不適宜有益藻類生長，由于長期大量的投喂飼料造成養殖水體單一富營養化（一般是氮多磷少），這樣水中的氮磷比例已經不適合有益藻生長，引進來也不能生長反而直接死掉，又會造成二次污染。