隨著對蝦養殖病害日益嚴重，抗生越來越多越來越早的運用到了南美白對蝦養殖之中。抗生素有殺菌抑藻效果，并直接快速成本低，但同時也有很多不良影響：
1
抗生素大多是好壞通殺（即廣譜抗菌），
有些甚至能直接殺藻，
過量或頻繁的使用很容易導致水體菌相、
藻相失衡，甚至嚴重的
會直接導致倒藻、缺氧、中毒。
所以一般外用過抗生素的
池塘水色都非常難看
（而鏡檢藻相卻往往是正常的），
那是因為藻類受藥物抑制影響了
正常的生理代謝功能，
所以細胞內的色素體也出現異常變化。
這種情況須要先連續用水維康氧化水體，
破壞掉抗生素的藥殘影響，
再少量多次的潑灑活菌制劑
（如利水菌、生物解毒劑、濃縮EM菌、益生菌等）
慢慢調理。
消化功能衰退
2
抗生素能破壞對蝦體內菌相，
直接導致消化功能減退。
只能長期的拌喂濃縮EM菌、
益生菌、利水菌、生物解毒劑等
恢復腸胃消化功能
（腸道若有變粗就要換另外的活菌使用）。
菌相失調
3
抗生素會阻礙肝胰腺發育，
損傷肝細胞，甚至導致肝臟壞死。
須用生命初元+β-康泰+肝腸99
或肝膽康泰內服兩個療程
（一個療程四到五天，嚴重的外用）。
棉花蝦前期
4
抗生素會影響營養吸收，
尤其鈣、鎂、磷、鐵等元素的吸收，
不僅影響蛻殼硬殼，
還會直接影響生長（變成棉花蝦）。
可以夜間潑灑應激活力素+鈣黃金+生命初元
以滲透方式促進營養吸收與轉化。
棉花蝦（瘦肉病）中期