我們都知道折耳貓的繁殖是非常嚴格的，因為自身帶有先天性遺傳病。所以折耳貓在交配是須特別謹慎。
折耳貓耳朵折的原因是基因突變。而它的四肢、尾部和關節畸形，則與折耳顯性基因的出現如影隨形。即，兩只顯性折耳貓交配所生下的小貓，往往會存在先天性的骨骼缺陷，如尾巴僵硬、四肢無力或關節畸形。還有些小貓表面上看不出任何問題，但是到6個月后卻停止發育，演變成先天性佝僂癥，最后全身衰竭死亡。
為了避免這些悲劇的發生，純種貓的繁育者們經過幾十年的經驗積累確立了折耳貓的繁育規則,兩只顯性基因的蘇格蘭折耳貓絕不允許交配繁育，而是采取折耳貓與英國短毛貓或美國短毛貓進行繁殖的方式來獲得后代。
我們都知道“近親結婚”遺傳病的發病率會很高，而且一般來說折耳貓和折耳貓是不能交配的，更何況同一只貓所生的小貓呢。