孵化過程中會因各種因素導致種蛋無法在孵化小雞而不能使用，因此會產生很多孵化廢物，一般孵化廢棄物主包括：孵化廢棄物包括無精蛋、死胚、空殼、殘次雞和異性個體等。這些孵化廢物濕度高容易腐敗，應該及時處理。不同廢棄物的處理方法不同具體如下：
無精蛋主要用于食用，毛蛋也可食用，但應注意衛生，避免腐敗物質及細菌造成的中毒。
蛋殼可以使用磷酸進行處理，獲得磷酸鈣用作為飼料中的鈣源。
毛蛋一般是經高溫消毒、干燥處理后，制成粉狀飼料利用。由于孵化廢棄物中含有大量蛋殼，故其鈣含量非常高，因而在利用孵化廢棄物時應注意。一般孵化廢棄物加工料在生長雞日糧中可占到6%，蛋雞日糧中可占到10%。