種雞缺乏營養會嚴重影響種蛋的孵化率，為防止孵化率下降養殖戶需做好種雞的影響補充。
1、維生素對孵化率的影響：維生素B2缺乏是影響孵化率最重要的營養因素之一，表現為腳趾麻痹癥，臨床癥狀為腳趾彎曲，身體矮小，在孵化期的第9~14天出現死亡高峰。葉酸和生物素缺乏往往導致長骨短縮，并可出現鸚鵡嘴畸形，葉酸缺乏可在孵化期的第18~21天出現大量死亡。維生素B12缺乏可導致胚胎頭在大腿間的胎位異常，死亡率高峰常發生在孵化時的第16~18天。當種雞日糧中的維生素A缺乏時，胚胎可在孵化期的第3~4天內死亡，死胚表現為循環系統發育不全。此外，維生素K和維生素E缺乏亦可不同程度地出現死胚。
2、微量元素對孵化率的影響：錳是影響種雞孵化率較嚴重的微量元素之一。當種雞日糧中缺錳時，胚胎將出現鵝鵡嘴畸形，病雞長肢骨短縮，下領骨短，上頜骨向下彎曲。微量元素硒缺乏時，雖可導致種雞產蛋率下降，但更嚴重的是影響到種蛋的孵化率，病癥如同肉用仔雞常見的滲出性素質病，并可出現腦軟化、腦積水。除此之外，鋅元素缺乏亦可在一定程度上影響到孵化率。