孵化過程中所用的器具必須在使用后進行徹底清洗，以防影響下次使用。具體做法如下：
1、使用過的種蛋盤、孵化盤應及時清理沖刷，做到無任何殘留物之后進行消毒，消毒常用0.1%～0.2%次氯酸鈉溶液浸泡1小時以上，之后用自來水沖洗晾干備用。
2、出雛盤架、蛋架車等應先用自來水沖刷干凈，再按30毫升/米3的福爾馬林，21克高錳酸鉀熏蒸消毒0.5小時。
3、孵化器及出雛器使用后，取出孵化盤、出雛盤等用具，應先用清水沖洗干凈，再用新潔爾滅擦洗孵化器內表面(尤其應注意機頂的清潔)，然后按每平方米30 毫升的福爾馬林、21克高錳酸鉀，在溫度24℃、濕度75%以上的條件下，密閉熏蒸1小時，然后打開機門和進出氣孔通風1小時左右，驅除甲醛蒸汽。