天然海水需經過一個海水處理過程，才能在生產中使用。天然海水經沉淀、過濾、水質調節、消毒后方可使用。消毒這一步驟成本比較高，也較繁鎖，一般只用于單胞藻培養中的一、二級培養、育苗水及藻類三級培養用水大部分情況下使用未經消毒的過濾水。
水是育苗生產的命脈，海水的處理效果好壞直接影響育苗生產的成敗，所以水處理的每一步驟都要嚴格執行，以確保育苗工作順利進行。水處理這一環節容易被忽視，本節對近年來使用較多的過濾方式做系統介紹，希望能得到重視。
一、海水沉淀
從海區抽了的海水進入蓄水池進行沉淀，沉淀在黑暗環境中進行，不能使用露天池，封閉式最佳，至少要用棚式遮光。光線太強，不但不能完成沉淀過程，而且易促進海區藻類的繁殖。海水要經足夠沉淀后（一般為24小時）方可進行過濾，否則容易陰塞過濾器。
二、海水過濾
海水過濾分為網過濾和砂過濾。砂過濾又分沙井、砂濾池和反沖式砂濾器等過濾方式。廣東地區使用較多的是砂濾池過濾和沙井過濾。
1．網過濾
沉淀后的海水用150-200目的尼龍篩絹網過濾后入池。其優點是：簡便、流速快、成本低，可濾去一些敵害生物，保留海水中的單胞藻類。缺點是：過濾不徹底，不能除去病原體和有害的原生動物。
2．砂濾池過濾
砂濾池的大小各場不一致，一般高度1.5-2米較為理想，體積多在5-20立方米。
砂濾池過濾是近年來使用最普遍的一種過濾方式，有必要著重說明一下其使用方法。首先是砂濾池砂的鋪設安裝，砂濾池出水管在池底，最底部需留10-12厘米的蓄水空間，以便出水時形成連續水流。蓄水空間靠厚度5厘米的篩板支撐，篩孔直徑為2-2.5厘米。篩板上鋪一層網目約為1-2毫米的膠絲網布，上鋪5-8厘米厚度的碎石一層，碎石直徑為2.5-3.5厘米。碎石上鋪一層網目為1毫米的膠絲網布，上鋪8-10厘米厚度的粗砂，粗砂直徑為3-4毫米。粗砂上鋪2層規格為40目的膠絲網布，上鋪80厘米的細砂，細砂直徑要求在0.1毫米以下。清除敵害生物主要靠細砂層的凝聚作用，一定要保持細砂層有一定的厚度。凝聚作用阻止微生物及有機碎屑通過砂層。這些有機物質就沉積在砂層中，必須經常清除、洗滌砂層，否則有機物分解產生的有毒物質溶于水中，有害于幼體。
3．砂井過濾
這是近年來才逐漸采用的一種過濾方式。有條件的地方在海邊挖井提水，具簡便、過濾干凈、水溫較恒定等優點。
4．反沖式砂濾器過濾
這是北方時有使用的過濾設備，南方也有一些蝦場使用。其結構與砂濾池基本相同，在底部排水管的對面位置設有一逆流閥，可以由底部將水反沖上去，清洗細砂層上部的污物。要定期反沖，以保持水質清新。
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