每一個養殖池塘都是一個相對獨立的生態系統，各類微生物菌群是生態系統中重要的組成部分。由于每個池塘的條件不盡相同，所以其微生物菌群也各部相同：有的池塘由于條件優越，其微生物菌群以大量的有益微菌為主，有害菌（如弧菌）不能形成優勢，這樣的池塘養殖成功率相對較高；而有的池塘則是以有害菌占主導地位的微生物菌群，如不對其改造則養殖的成功率很低。
值得一提的是，目前不但對蝦養殖面積在逐年增加，其養殖的密度也在逐漸增加，再加上連作障礙的影響，條件優越的池塘幾乎少之又少。所以為了提高養殖的成功率，我們必須打破養殖池塘以前以有害微生物為主導的生態平衡，重新建立以有益微生物為主導的微生態平衡。而建立這種新平衡不是只靠清塘、消毒就能做到的，適時適量的向池塘中大量輸入有益微生物則更為重要。但是，能夠讓大量的有益微生物在該池塘生態中形成優勢種群并不容易。現在，我們開始為蝦塘重建微生態平衡提供如下方案：
1、清塘：對于多年的老塘，最好先清淤（俗稱打泥漿）。清淤后，保持水位平均約20cm左右，先用含氯制劑清塘，一般使用漂白粉（有效氯含量為大于25%）約20～30公斤/畝或強氯精（含量為60%）1～2公斤/畝。特別提醒，在北方由于大多數池塘堿度大，水體的pH值一般較高，所以不建議使用生石灰清塘，以防水體PH值過高而很難控制。
2、補水：清塘24小時后，向池中一次性注入新水至平均水深約1.5米左右。注意，在進水過程中，如果使用的是外源水，一定要過濾并經常檢查過濾裝置是否完好，以防止敵害生物的進入。過濾裝置一般采用≥100目篩絹網即可。
3、二次消毒：進水后，如果使用的是外源水，則需對該水體進行二次消毒處理，以防止外源水域中的病原微生物在池塘中大量繁殖。如果是直接加入重金屬含量不超標的深井水，則可以省略此步。
4、檢測病原微生物（一般特指弧菌）的含量：取池塘底泥做弧菌檢測，如果弧菌過多則說明消毒不徹底，需要重新選擇理想的藥物再進行消毒直到病原菌極少為止。
5、輸入益生菌：消毒12～24小時后向池塘中（尤其是池底）開始大量補充活菌制劑。
這一步尤為重要，是建立水體初級微生態平衡的關鍵一步。具體要求如下：
1）、補充的活菌制劑質量要可靠，一定要選擇適應環境能力強、繁殖速度快且不易衰敗的菌種。一般知名度較大的微生物生產廠家具備這樣的優質菌種。
2）、不能是傳代培養的微生物，即不是通過購買菌種后自己再擴培或發酵后的微生物菌種。
3）、益生菌補充的量一定要充足，否則不能形成優勢種群。
4）、菌種要豐富，即復合菌種，只有多種微生物之間相互制約、相互促進才能促使該生態平衡穩定。
6、適量補充營養，培養有益藻類（也稱肥水）：微生物和藻類的繁殖都需要大量的營養源（如氨基酸、碳源、礦質元素等），此外，微生物的定殖還需要載體，所以只有適度的補充營養才能保證水體中的微生物菌群和浮游生物的種類、數量保持相對穩定，不易轉水。否則可能會導致青苔、藍藻等單一有害藻類大量繁殖，破壞生態平衡。
7、經常檢測水體理化指標（如氨氮、亞硝酸鹽、pH值等），如有不合適的需在放苗前調整到合適的范圍內
8、注意事項：1）養水的過程中最好每天（晴天）中午開啟一臺增氧機以保持水質穩定；2）培水過程中，不要向池塘中潑灑未經發酵的有機肥料或有機物（如豆漿、豆粕）等，否則浮游動物會過快繁殖而導致水質惡化；3）重金屬含量高的井水必須經過蓄水池凈化沉淀，再經過對重金屬進行絡合處理后方可使用。
作者：澳森漁業王玉臣