糞便的處理
沼氣法：畜禽糞便可利用沼氣或沼氣罐產生沼氣。此法可以處理大量的糞便、污水，且最適用于陰雨天多、曬干較困難的地方。這是養殖場解決環境污染的一種良性循環機制，也是生態農業發展的一部分。
腐熟堆肥法：糞便經腐熟處理后外觀呈暗褐色，松軟無臭。
烘干法：較大規模的養殖場，采用烘干法較理想。首先對糞便進行固液分離，分離后的固體成分烘干后，添加其他成分制成有機復合肥，液體可摻入部分其它化肥制成液體肥料出售，或直接用泵送到菜地、果園用作肥料。
組合處理法：采用兩種以上的方法組合使用，優勢互補。如用太陽能蒸發水分到一定程度，再用烘干法或真空干燥法、膨化法、微波法、熱噴法等，既節約能源，降低成本，又可生產出優質肥料。
合理規劃養殖場：合理規劃養殖場對糞便的處理很重要。一般以遠離市區、在下風方向為宜;同時在規格大小、排糞量、處理設施等方面都要充分考慮。
污水凈化
如沖洗圈舍后的水，要進行凈化處理，一般都要經過植物吸收利用，土地的固定吸附，微生物的作用，使廢水變成清水。
一是種植水生飼料。利用有機廢水種植水葫蘆和細綠萍等水生飼料，其中水葫蘆耐高濃度糞水，細綠萍耐中濃度糞水，高濃度有機糞水在水葫蘆池中經7天～8天可達到吸收凈化。
二是灌溉農作物。將初步凈化利用的水作為灌溉水，經過土壤微生物和農作物的分解吸收、土地的吸附固定，從而使污水得到進一步的凈化。
三是循環利用。凈化后的水，可以部分排回魚蟹池中。
四是回歸江河。凈化的水如達到國家的排放標準，就可排入江河。