由于扇貝育苗中每個技術人員都有自己的一套技術方案，在此我們不做統一標準，只提供微生態制劑在扇貝育苗中種貝蓄養階段的幾個實際有效方案，希望能對扇貝育苗工作人員有所幫助，為扇貝育苗工作的成功打下基礎。
1、水質處理：“水、種、餌、密、混、輪、防、管”是水產養殖八字方針。海水貝類養殖中，水質是工廠化人工育苗和養殖的關鍵。水質不佳或處理不當均可導致育苗和養殖的失敗。當前常用海水處理的方法有物理、化學和生物三種。微生態制劑就屬于生物處理。
1)初濾池、沙濾池等沙濾系統中每3-5天使用一次“利生素”(主要成分為嗜冷型芽孢桿菌)。因為沙濾系統中，濾床砂層表面有有機物堆積，有益微生物可以分解有機物完成自我繁殖，使整個濾床變為微生物過濾器，在沙粒等有空隙的濾料之間形成生物膜，借助微生物作用以減少水體中氨氮、亞硝酸鹽、硫化氫等有害物質的含量。
2)沉淀池中潑灑“綠水解毒安”代替傳統EDTA，既能降解水中重金屬離子又能緩解海水中藻毒素對貝類的影響。
2、補充營養：暫養池內配合使用多種有益菌(“海洋紅酵母”、“益菌苗康”、“強效EM”、“光合細菌”、“乳酸芽孢M3”等)。有益菌的營養價值很高，能有效為種貝的性腺發育提供營養，提高種貝的自身免疫力，降低種貝的死亡率。例如光合細菌中粗蛋白含量達65.45%,粗脂肪7.18%，含有豐富的葉酸、多種活性維生素、泛醌、類胡蘿卜素和氨基酸等，酵母菌細胞壁中含有最具生理活性的免疫多糖β-葡聚糖，海洋紅酵母中富含蝦青素等。
3、預防腸道疾病：有益微生物繁殖起來占據優勢后能有效抑制有害微生物的繁殖，配合“菌克27”(主要成分噬菌體，高效寄生裂解多種G-致病菌，無毒副作用，無耐藥性和藥物殘留)更能有效預防和避免種貝蓄養中的空腸細腸現象。
4、提高抗應激能力：一般情況下，水溫升至16℃后開始出現早排現象，尤其是相對體弱的種貝更易早排，可在每次倒池前1-2小時潑灑“低聚糖863”+“解毒抗應激靈”各2-5ppm，再配合合理倒池操作，能極大避免和延后早排現象，為后期整體排放精卵做好準備。