牡蠣肉嫩、湯鮮、營養價值高，有些還具藥效，為世人所推崇。但它的養殖面臨著多種問題，除來自微生物和動物引起的疾病以外，它還遭遇到人為環境的壓力，來自本身的惡變及各種敵害生物的侵襲。本文論述以上的相關問題，以引起各方人士注意并改進之。
1 綠蠣病 病源有兩種，一是舟形藻;另一是過多的含鋅物所致，這一般是牡蠣吸收了過多的環境污染鋅造成。
2 瘤
4種牡蠣有螯生瘤的條件，如美洲巨蠣，就有血細胞生瘤條件，可染血瘤病，其組織、細胞病理、病因及其發病機理也有研究。該生瘤條件與病毒有關。
美國的青牡蠣生瘤有季節性和傳染性。
2.1 增生無序
少數成年美洲牡蠣，其泡沫狀結締組織中有異常增生變化，其特征是出現過量的未分化的海蕾細胞。細胞大核偏心、嗜堿，由較淺的染色質圍繞，有絲分裂異常。
2.2 配子母細胞過度生長
除牡蠣的圍心區生長出長達3cm的間質瘤外，一些美洲牡蠣生殖腺體中有過度生長的配子母細胞和退化的配子母細胞，稱作為卵(細胞)囊腫，這很容易地聯想起腫瘍病毒。配子母細胞在雌體中呈現為卵形，但受影響的美洲牡蠣是雄體的，而外表上則這些細胞及相關病毒在雄體中很少，因此表明該病可影響未分化的任一性別的配子母細胞。換言之，受影響的細胞可能代表隨性別轉回雄體的雌體期殘卵，因牡蠣在一定程度上是間性的。典型精巢可能有少數卵受此病毒感染，染此病者不多，病理學意義也不大。
3 牡蠣的敵害
3.1 魚類
以肉食性魚為主，包括河豚、黑鯛、海鯽及鰩魚等。鰩魚用其強硬的齒咬破近江牡蠣的貝殼再吃之。對付鰩魚的辦法是在水中插有可移動的竹木等物，以達到恐嚇或預防其游近之目的。害魚對蠣苗的危害更為嚴重，防范方法只有在苗區圍網或誘捕之。