在灘涂貝類養殖中，經常遇到自然災害和生物敵害的侵襲。因此，防止和消除災、敵害的威脅，是貝類養殖中不可忽視的一環。
一、自然災害
常見的有臺風與洪水帶來的流砂和浮泥等危害。應采取必要的防洪措施，如養殖區應避開主河道或修整河口，改直沖為斜流等。
二、敵害生物
一是水鳥和野鴨等，常成群結隊來灘涂上啄食貝苗。二是肉食性魚類，如蝦虎魚、黑鯛等，均不同程度吃食貝類。梭魚在灘涂上舔食底棲藻類時，亦連同附著的貝苗一起吃掉。三是軟體動物中的各種螺類，如扁玉螺、福氏玉螺、紅螺及殼蛞蝓等是貝類養殖的大敵。防治方法：除水鳥驅趕和用獵槍驚嚇外，可用鉤釣和網捕捉;害魚、雜蟹可用藥物如“魚藤精”、漂白粉等殺死;對一些有害螺類，主要靠人工撿除成螺、清除卵袋。玉螺類的卵袋呈砂質衣領狀，可在7月～8月產卵季節時下灘清除。四是對章魚、海星等的捕捉，前者可找洞穴挖捕或利用章魚喜鉆螺殼產卵的特點，產卵期利用紅螺殼捕捉，后者可在日常管理中隨時清除。捕到的海星，不可撕碎扔到海中，因其再生力很強，碎裂的每一部分可再形成新個體。
三、其他危害
一是附著生物，如藤壺、海鞘、苔蘚蟲等，侵占貝類固著基或附著在貝殼上，影響貝類的攝食、呼吸和生長;二是板結灘面，如海帶草大量繁生，侵占了養殖灘涂，尋氏肌蛤(海皮癩、短齒蛤)大量繁殖，群體以足絲交錯附著，使灘面形成一層厚厚的砂毯，覆蓋著埋棲貝類，嚴重時造成貝類窒息死亡。清除方法：可翻灘去除海帶草的危害，產卵前扒除尋氏肌蛤，用作對蝦養殖的鮮活餌料。